Bioinformatika jak už z jejího názvu vyplývá je obor na pomezí biologie a informatiky. Vznikl podle mne spíš z nutnosti zpracovávat výsledky biologických oborů s využitím počítačů, konkrétněji se bioinformatika obsahem zpracovávaných dat a problémů oborů jako je genetika, mikrobiologie, virologie, molekulární biologie ale i dalších.

Jedním z problémů současnosti je jak ukládat současné poznatky, jak je třídit a jak je využít to obrovské množství informací. Jedním směrem bioinformatiky je tvorba a údržba databází všeho druhu. V posledních 10 letech bylo částečně nebo úplně určeno přes 350 genomových sekvencí organismů. Toto obrovské množství různě obměňovaných písmenek A, T, C, G bylo třeba již mnohem dříve ukládat do počítačů, mít možnost je zase z toho počítače dostat ven, možnost je navzájem porovnat atp.

Dalším směrem je modelování tvarů různých molekul. Některé obory chemie produkují důležitá data o struktuře bílkovin, například tak že někdo vykrystalizuje vyčistěnou bílkovinu, tu pak osvítí rentgenovými paprsky a podle úhlů odrazu/lomu paprsků je možné určit tvar krystalu. S výhodou se na to dnes používají počítače a data se pochopitelně ukládají do databází a zpřístupňují po internetu pomocí WWW rozhraní.

Bioinformatika ale používá i metody systematické biologie ve zkoumání příbuzností některých organismů, vyvíjí metody pro hromadnou statistickou analýzu některých druhů dat a jejich interpretaci. Uplatní se zde zejména matematici se znalostmi analýzy řetězců znaků a teorie grafů.

V bioinformatice je potřeba rozumět biologii a navíc umět s počítačem. Osobně jeden z hlavních problémů současné bioinformatiky vidím v tom že mnoho "bioinformatiků" jsou původem statistici či matematici/fyzici a nemají dobrou představu o biologickém požadí problému nebo metodice. Těžko pak mohou interpretovat výsledky, ačkoli jim vždy "nějaká čísla" samozřejmě "vyjdou". Další skupinou jsou vystudovaní programátoři kteří umí naprogramovat počítače ale ne vždy jsou přesvědčeni o smyslu své práce, jsou schopni pochopit proč mají dělat to či ono tak či onak a zejména se včas zarazit když vyvíjejí aktivitu špatným směrem. Pak máme mnoho biologů kteří sice vědí co by rádi z počítače dostali ven ale protože se programování učí sami a nemají jasné představy o algoritmech, teoriích grafů, matematice a různých způsobech analýz některých typů problémů (neboť to nikdy nestudovali), tak prostě zápasí s nefungujícími či neefektivně psanými programy. Ty zase slušný programátor odmítá číst, opravovat a zlepšovat se slovy že je lepší to napsat celé znovu od začátku.

Kdo z toho pochopil co je to bioinformatika? :-) Tak tedy pokus číslo 2:
Bioinformatika s pomocí počítačů řeší biologické otázky. Někdy modeluje procesy nebo stavy, někdy zpřístupňuje data ve formě databází, někdy něco předpovídá (například předpovídá/nalézá geny a jiné "elementy" uvnitř nukleotidové sekvence tvořící chromozóm). Dále třeba předpovídá funkci bílkovin obsažených v předpovězených genech (rozuměj kódovaných těmi geny), předpovídá struktury molekul a jejich interakce (třeba s nějakými dalšími molekulami), porovnává jednotlivé organismy mezi sebou na základě různých kombinací genů v nich obsažených a v neposlední řadě na základě sekvenční odlišnosti určuje míru jejich příbuznosti. A to tento výčet vůbec není úplný. Krátce řečeno, zpracovává biologicky orientovaná data nebo biologicky motivované problémy.